وتتمثل الأهداف الرئيسية لبرنامج الماجستير في التربية والتعليم كما يلي: رفع مستوى مهارات المعلمين والإداريين والمستشارين والقادة والمدربين في ابتكار المناهج وطرق التدريس والإدارة والتوجيه المهني والإرشاد. تطوير المناهج الإسلامية في تقديم المعرفة في ظل الظروف الاجتماعية والثقافية المعاصرة. ابتكار المنهجيات الفعالة في تقديم المعرفة ذات القيمة العالية في ظل الظروف الدراسية المعاصرة. إدراك مفهوم ومبادئ التربية الإسلامية. إجراء البحوث لتحديد المشاكل المتعلقة بالتدريس واقتراح الحلول على المستويين الكلي والجزئي. الإشراف على تطبيق هذه المفاهيم والمبادئ.